Pour l'Union européenne, c'est une mission novatrice. Il ne s'agit pas de conseiller un Etat sur la réforme de sa Sécurité, comme au Congo, ou de former des cadres militaires, comme en Afghanistan. Il s'agit d'aller à la base et de former de simples soldats. C'est la première fois que l'UE s'engage sur un tel programme qui devrait se dérouler en terrain neutre, c'est à dire en Ouganda.
Une centaine d'instructeurs européens, dans un premier temps, seraient envoyés sur place. La formation durera quelques semaines, et consistera à enseigner aux soldats les rudiments de l'action en groupe, mais aussi le respect des principes élémentaires du droit de la guerre.
L'idée est aussi de détecter les futurs officiers de l'armée qui recevraient ensuite une formation complémentaire. L'Europe a aussi songé aux effets pervers d'une telle politique. Beaucoup de soldats somaliens changent d'allégeance en fonction de leurs intérêts claniques ou pécuniaires.
A cet égard l'UE souhaite que les soldes de ces militaires soient pris en charge par la communauté internationale, via notamment les fonds spéciaux de l'ONU pour la sécurité en Somalie. Enfin, dès leur retour au pays, les soldats de la nouvelle armée somalienne seraient encadrés par ceux de l'Amisom, la Mission africaine de maintien de la paix en Somalie.