C'est après avoir proclamé l'indépendance du Timor oriental face au Portugal que Francisco Xavier do Amaral est devenu président. Pendant neuf jours, à peine, le temps pour l'Indonésie d'envahir le pays. Et pour le président de basculer dans la clandestinité avec son mouvement, le Fretilin, qui mène la résistance contre l'occupant mais finit par expulser Francisco Xavier do Amaral en 1977 pour « désaccord tactique ».
Une fraction extrémiste du parti l'emprisonne. Elle l'abandonnera un an plus tard, lors d'une embuscade de l'armée indonésienne qui le capture et le place en résidence surveillée à Bali puis Jakarta. Francisco Xavier do Amaral ne pourra revenir que 22 ans plus tard dans son pays, qui vient de voter son indépendance.
Le Fretilin le réhabilite, et en 2002. Il est candidat face à Xanana Gusmão ; une candidature symbolique, pour explique-t-il éviter que le futur président ne soit seul en lice. Mais Francisco Xavier do Amaral sera aussi candidat pour les élections de 2007 et celles de cette année, prévues pour le 17 mars.
Le CNRT (Congrès national de reconstruction timoraise), le parti au pouvoir, a fait part de sa profonde tristesse devant son décès. Plus pragmatique, le porte-parole du Fretilin a décrit le président comme un « partenaire stratégique », et a estimé que beaucoup de ses partisans allaient maintenant reporter leur vote sur le Fretilin.