Selon le New York Times et le Washington Post, Donald Trump a voulu limoger Robert Mueller en raison d'un conflit d'intérêts : tout d'abord parce que Robert Mueller a eu un différend avec le club de golf dont Donald Trump est propriétaire en Virginie et dont il était membre.
Ensuite, parce qu'il a travaillé pour un cabinet d'avocat qui avait pour client le gendre du président, Jared Kushner. Enfin parce que Robert Mueller, ancien patron du FBI, a été auditionné pour reprendre la direction de l'agence juste avant sa nomination au poste de procureur général.
Le conseiller juridique de la Maison Blanche a estimé que ces arguments ne tenaient pas la route. Donald McGahn, un proche de Donald Trump, a donc refusé de suivre l'ordre du président, estimant qu'un limogeage aurait eu des conséquences catastrophiques sur la Maison Blanche. Le conseiller juridique a même envisagé de mettre sa démission dans la balance.
Dans le dossier d'une éventuelle collusion avec la Russie, Donald Trump, confiant, s'est dit prêt à témoigner sous serment devant Robert Mueller. Le risque pour le président est en revanche plus important si une tentative d'entrave à la justice venait à être prouvée.
Robert Mueller enquête notamment pour savoir si le président américain s'est rendu coupable d'entrave à la justice lorsqu'il a démis le chef du FBI James Comey de ses fonctions en mai 2017. Et c'est au cours de cette enquête que le procureur a appris qu'il avait failli être limogé au mois de juin.