A l'époque, un conflit armé qui opposait l'armée péruvienne, le groupe maoïste Sentier lumineux et le mouvement révolutionnaire Tupac Amaru ensanglantait le pays. Pendant cette période, Ollanta Humala était lieutenant-colonel et à la tête d'une section spéciale antiterroriste.
Il exerçait à Madre Mia, une base militaire dans la forêt amazonienne, devenue depuis tristement célèbre pour les exactions qui y ont été commises, souvent contre des paysans innocents. De nouveaux témoins portent maintenant des accusations graves contre celui qui est devenu par la suite le président du Pérou.
Les deux hommes ont obtenu le statut de témoins protégés. Anciens soldats de la base militaire de Madre Mia, ils témoignent donc sous couvert d'anonymat des atrocités, commises, selon eux, sur ordre de celui qui se faisait à l'époque appelé Capitaine Carlos, un nom de code militaire, mais qui ne serait autre qu’Ollanta Humala.
Pour être admis dans sa section spéciale antiterroriste il fallait passer par un rite macabre, raconte l'un d'entre eux : ligoter un détenu, lui enfiler une cagoule. « Le capitaine Carlos était à mes côtés, se souvient le témoin. 'Egorge-le', m'a-t-il dit. 'Sinon je le ferai moi-même' ».
L'autre ancien soldat parle des exécutions sommaires: « Nous avons arrêté une cinquantaine de paysans. Sur ordre du capitaine Carlos, nous les avons tués un par un, soit par balle, soit en les égorgeant avec des poignards. Nous avons jeté les corps dans des fosses et nous les avons brûlés ».
En 2006, une procédure judiciaire avait été ouverte en raison d'accusations similaires, mais finalement classée faute de preuves. En avril, le procureur a décidé de rouvrir l'enquête après l'apparition de nouveaux éléments. Ollanta Humala clame son innocence bien qu'il confirme avoir été en poste sur la base militaire de Madre Mia.