Le nouveau président est d'abord attendu sur la question de la corruption, qui gangrène la société guatémaltèque. Son prédécesseur est d'ailleurs en détention préventive, emporté par un scandale de fraudes qui a entrainé une mobilisation inédite de la société civile. Jimmy Morales doit en grande partie son élection à son image de chef de file anticorruption et anti-élites.
Mais le pays est aussi confronté à d'autres problèmes de fond, à commencer par une situation économique préoccupante. Plus de la moitié de la population vit sous le seuil de pauvreté, et une violence qui gangrène la société : avec 6 000 meurtres recensés l'an dernier, le pays est l'un des plus dangereux du monde.
Les défis sont immenses pour un président peu expérimenté et à la marge de manoeuvre limitée. Jimmy Morales a certes été élu président, mais son parti n'a obtenu que 11 sièges sur les 158 du Parlement. Il devra donc s'allier avec d'autres partis pour faire passer ses réformes.
De plus, son équipe est déjà controversée. Plusieurs de ses soutiens, d'anciens militaires, sont mis en cause dans des crimes de guerre et des crimes contre l'humanité, commis pendant la guerre civile.