Devant le tribunal militaire de Guantanamo Majid Khan a plaidé coupable. Selon l'acte d'accusation, ce Pakistanais de 32 ans reconnait donc avoir fomenté des attentats aux Etats-Unis, d'avoir tenté d'assassiner l'ancien président pakistanais Pervez Musharraf.
Majid Khan reconnait aussi l'avoir fait sous les ordres de Khaled Cheikh Mohammed.
Le cerveau des attentats du 11-Septembre 2001 l'a chargé de trouver également les 50 000 dollars qui ont financé l'attaque contre l'hôtel Marriott de Jakarta en 2003.
En échange de ce « plaidé-coupable », le tribunal militaire s'engage à ne pas lui infliger plus de 25 ans de prison, mais selon les termes de l'accord, il va devoir « coopérer avec le gouvernement américain ». C'est-à-dire raconter ce qu'il a fait et ce qu'il sait et donc éventuellement dénoncer d'autres terroristes.
Une méthode usuelle aux Etats-Unis mais qui, dans ce contexte, choque Nathalie Berger qui est responsable des Amériques à Amnesty International. « On sait que Majid Khan a été torturé et que pendant des années on a réclamé qu’il puisse être soigné. Donc moi je mets quand même un certain nombre de doutes sur ses capacités psychiques à résonner et à passer ce type d’accord ».
Majid Khan qui est emprisonné depuis 9 ans ne connaitra sa peine que dans 4 ans. Le 29 février 2016 très précisément.