À Madagascar, la question de la souveraineté nationale reste sensible dans l'opinion. En particulier lorsqu'il s'agit de litige avec l'ancienne puissance coloniale. La revendication des îles Éparses fait donc l'objet d'un large consensus.
Côté français, même si le sujet est plus méconnu, il n'empêche que les réticences ont toujours été fortes à l'idée de céder quelque territoire que ce soit. Dans un dossier similaire, l'accord de cogestion de l'île Tromelin avec Maurice, daté de 2010, est d'ailleurs toujours bloqué à l'Assemblée nationale. Les diplomates vont donc avoir fort à faire pour convaincre l'un ou l'autre camp à des concessions.
Outre cet enjeu de souveraineté, il y a des enjeux géostratégiques. Les îles éparses sont situées dans le canal du Mozambique, importante voie de navigation où la sécurité est primordiale. Or Madagascar n'a pas les moyens dissuasifs nécessaires contre les trafics, la piraterie ou les actes terroristes qui pourraient s'étendre dans la zone en cas de retrait français.
Et puis ces îles Éparses et l'espace maritime autour représentent également un important enjeu économique avec la pêche d'abord et d'éventuels hydrocarbures en sous-sol. Même si pour l'instant rien n'a été trouvé, la découverte d'immenses réserves de gaz au large du Mozambique voisin alimente tous les fantasmes.
Enfin sur le plan environnemental, ces îlots restés à l'état naturel sont des réserves d'une incroyable richesse que la France veut préserver. Elle milite d'ailleurs pour leur inscription au patrimoine mondial de l'Unesco.