Rédacteur en chef, membres du comité scientifique, auteurs, tous ou presque dénoncent une suspension de nature « politique ». Parmi eux, Bruno Charbonneau, professeur au Collège militaire royal de Saint-Jean au Canada, auteur d'un article consacré aux « limites de l'acharnement contre-terroriste » au Mali : « Il y avait des pressions, ça me semble évident, au niveau politique dans les trois derniers mois. La France est au cœur de tout ça donc ça vient avec une critique de l'approche contre-terroriste de la France au Mali et plus généralement au Sahel. »
La direction d'Afrique contemporaine se défend de toute censure ou interférence politique. « Je n'exerce aucune fonction politique, a affirmé Thomas Melonio, directeur de publication de la revue, directeur Recherche et Innovation au sein de l'AFD et ancien conseiller Afrique du président François Hollande. A aucun moment ni le Quai d'Orsay ni l'Elysée n'ont amené la moindre demande de modification. En revanche, ce qui est vrai, c'est que nous avons demandé au niveau de l'AFD, que lorsqu'il y a des articles polémiques, des articles exprimant des contre points puissent être présentés afin que la revue ne puisse en aucun cas être considérée comme partisane ou engagée. »
La polémique a entraîné une vague de départs sans précédent au sein de la revue. D'abord, son rédacteur en chef Marc-Antoine Pérouse de Montclos, rapidement suivi par trois membres du comité scientifique chargé de valider les articles. Quant aux auteurs, plusieurs ont d'ores et déjà fait savoir qu'ils retiraient leurs papiers de la revue pour les publier ailleurs.