Prouver sa transparence et restaurer la confiance des électeurs à un mois et demi de l'élection présidentielle. C'est pour cette raison que la Céni a demandé une vérification du fichier électoral. « Ces critiques doivent être dissipées, affirme le général Siaka Sangaré, chef de la mission d'audit de l'Organisation internationale de la Francophonie. Il y a eu beaucoup d’efforts. J’étais là en 2009, je sais dans quel état se trouvait le fichier électoral. Aujourd’hui je peux vraiment dire à l’ensemble de la classe politique, et surtout aux représentants des candidats qui ont participé aux opérations d’audit de ces fichiers que c’est un fichier qui garantit l’égalité des chances pour tous les candidats et sur la base duquel on peut bel et bien tenir des élections crédibles en 2018. »
Dans son rapport l'OIF note quelques anomalies, notamment la présence de 12 000 doublons. Une erreur qui sera rectifiée, assure le président de la Céni Hery Rakotomanana : « On va très vite identifier physiquement ces électeurs en doublon, et les mettre dans une liste rouge et répartir la liste dans les bureaux de vote concernés pour les empêcher de voter deux fois. »
Sur une population estimée à 24 millions d'habitants, 9,9 millions seulement sont inscrits sur la liste électorale. Un chiffre faible, car nombreux sont les citoyens majeurs sans carte d'identité, une pièce indispensable pour pouvoir voter. En novembre dernier, les autorités estimaient à 900 000 le nombre de personnes en âge de voter sans papier d'identité.