Au moment de la parution de l'article, Hubert Védrine avait catégoriquement refusé de commenter les informations de la revue XXI. Trois semaines plus tard, l'ancien ministre « dément en bloc les allégations et accusations » contenues dans l'article. Des « spéculations relancées sans preuve », affirme Hubert Védrine en référence aux propos du journaliste lui-même; Patrick de Saint-Exupéry expliquant n'avoir pas lu le document sur lequel il s'appuie et se fonder uniquement sur le témoignage d'un haut-fonctionnaire.
Cet homme dit avoir vu la signature d'Hubert Védrine en marge d'un document réaffirmant l'ordre de livrer des armes aux génocidaires hutus rwandais, alors en fuite au Zaïre.
Mais pour l'ancien secrétaire général de la présidence, la France a été « le seul pays à s'engager pour trouver un compromis politique avec les accords d'Arusha en 1993 », et le seul « à avoir agi pendant le génocide pour porter secours aux populations ».
Hubert Védrine s'interroge aussi sur les motifs de ce qu'il qualifie d'énième campagne d'accusation contre des responsables français, en faisant allusion aux autorités rwandaises elles-mêmes. Hubert Védrine estime qu'elles ne décolèrent pas et attendent un non-lieu qui dégagerait leur responsabilité concernant les responsables de l'attentat du 6 avril 1994, dans lequel les présidents rwandais et burundais avaient trouvé la mort et qui avait marqué le début du génocide.