Pour la direction générale d'ECAir c'est simple, cet audit n'aurait même pas dû avoir lieu. Ses auteurs auraient dû « refuser la mission ».
La compagnie aérienne ayant cessé ses activités, le personnel n'étant plus payé, les comptes n'étaient pas à jour, il était donc impossible estime ECAir d'imaginer recueillir honnêtement les informations nécessaires pour réaliser un audit « aux normes internationales ». ECAir dénonce « de grave entorses à la déontologie » et estime que le rapport est « biaisé » d'autant qu'il n'aurait « pas été fait de manière contradictoire ».
Autrement dit, la direction d'ECAir n'aurait pas eu la possibilité de répondre à certaines accusations avant publication du rapport comme par exemple expliquer certaines dépenses « prétendument non justifiées », des dépenses chiffrées dans le rapport à plusieurs millions d'euros.
Ecair ne nie pas qu'il existait un risque de conflit d'intérêt entre le directeur général adjoint et l'un de ses prestataires, le Suisse Coem mais l'entrepise assure qu'il existait des garde fou et que le soupçon de « surfacturation » est « infondé ».
ECAir explique enfin que si l'entreprise a coulé ce n'est pas à cause d'une mauvaise gestion mais parce que son financement n'était pas à la hauteur de son ambition : devenir une compagnie « à vocation intercontinentale » capable de concurrencer Air France et Ethiopian airlines.