Dimanche 18 septembre vers 21h30, Théophile Ntirutwa s'apprêtait à rentrer chez lui après avoir rendu visite à une connaissance dans le quartier de Nyarutarama à Kigali. Selon Boniface Twagirimana, le vice-président des FDU qui n'hésite pas à parler d'« enlèvement ». C'est au moment d'enfourcher une moto-taxi qu'il aurait été arrêté et emmené de force dans un pick-up vert de l'armée rwandaise par des hommes dont l'un portait un uniforme.
L'opposant aurait même perdu une de ses chaussures en route. Selon l'épouse de ce dernier qui dit s'être entretenue avec des témoins, les hommes ont expliqué aux badauds que Théophile Ntirutwa était un « voleur de téléphone portable ».
Le vice-président des FDU assure que le responsable local du parti craignait depuis plusieurs mois pour sa sécurité. Célestin Twahirwa, le porte-parole de la police rwandaise, a indiqué ne pas être en mesure de dire si l'opposant avait été arrêté ou non.
Dans un communiqué, les FDU ont dénoncé « la volonté du FPR [le parti au pouvoir, ndlr] de continuer à harceler les opposants pour les faire complètement taire », en amont de la présidentielle de 2017.