Blessé en 2009 et capturé en RDC, Thomas Kwoyelo est poursuivi pour 53 chefs d'accusations : meurtres, homicides volontaires, enlèvements, destruction de propriétés, etc...
En 2010, sur la base de l'accord de paix signé à Juba entre le gouvernement ougandais et les rebelles, Thomas Kwoyelo demande l'amnistie. Pour des raisons troubles, elle ne lui est pas accordée et il est traduit devant la justice ougandaise. La CPI n'ayant pas délivré de mandat d'arrêt contre lui.
Human rights watch dénonce cet état de fait et le manque de transparence autour du cas Kwoyelo. Le rebelle a passé 18 mois en prison sans avoir accès à un avocat, par exemple. L'organisation internationale pose aussi la question de la capacité de l'Ouganda à mener un procès d'une telle envergure en toute équité. Les reports réguliers d'audiences, notamment par manque des fonds selon les autorités, vont dans ce sens.
Ce procès relève pourtant d'une importance symbolique en Ouganda. C'est la première fois qu'un rebelle de la LRA va être jugé sur le territoire. Le procès va se tenir à Gulu dans le nord de l'Ouganda, là où les crimes ont été commis. Les associations de victimes attendent beaucoup de ce procès qui fait partie intégrante de la reconstruction post-conflit.
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