Au centre, au sud et à l'ouest du pays,le vote s'est globalement déroulé dans le calme même si de nombreuses localités ont connu des retards à l'ouverture des bureaux, notamment à cause de problèmes d'acheminement de matériel. Certains électeurs ont aussi eu des difficultés à retrouver leurs noms sur les listes comme à Nzako, au Sud-Est, ou à Bozoum à l'Ouest.
En revanche, le scrutin a été perturbé dans le nord et l'est du pays : problème, là aussi, d'acheminement de matériel, mais également anxiété des habitants après les menaces proférées par des groupes armés opposés au référendum. Le FPRC, le groupe rebelle de l'ex-Seleka dirigé par Noureddine Adam avait en effet annoncé qu'il s'opposerait à la tenue du scrutin. Et ce fut le cas puisque dans ses bastions de Ndele, Birao et Kaga-Bandoro, on n'a quasiment pas voté : des hommes ont tiré en l'air pour dissuader les électeurs et brûlé le matériel de vote, tandis qu'à Bria, au Centre-Est, 4 agents électoraux ont été tabassés par des éléments acquis au FPRC.
Le scrutin a aussi été perturbé par des tirs et le saccage du matériel dans la ville de Bossangoa, fief de François Bozizé, à l'Ouest du pays. Des violences condamnées par le représentant des Nations unies à Bangui. « De tels agissements peuvent être traités comme des crimes de guerre », a souligné Parfait Onanga-Anyanga.