L'accusation dit se baser sur des témoignages de quatre officiers selon lesquels Tom Byabagamba avait l'habitude de déclarer que le gouvernement rwandais était derrière l'assassinat de Patrick Karegeya, l'ancien chef des renseignements rwandais passé dans l'opposition et retrouvé mort visiblement étranglé en Afrique du Sud en janvier 2014. Des propos qui auraient été tenus alors que le colonel d'active occupait des fonctions à l'état-major de la mission de l'ONU au Soudan du Sud. Toujours selon ces témoignages, Tom Byabagamba avait même suggéré aux militaires de « venger » cette mort.
Des procès verbaux montés toute pièce, a réagi à la barre l'ancien tout puissant chef de la garde présidentielle. « Comment des on-dit peuvent-ils servir de preuves ? », a-t-il également déclaré.
Un de ses avocats s'est quant à lui insurgé : l'un des quatre témoins à charge n'est autre que le juge ayant présidé le pré-procès du colonel d'active. « Comment peut-on être juge et témoin dans un même dossier ? », s'est interrogé Me Valery Gakunzi. « Je n'appelle pas ça un procès équitable. »