Le limogeage du patron des services secrets burundais est « un signal fort lancé à tous les opposants au troisième mandat », explique un proche du général Godefroid Niyombare. Cet homme n'est pas le premier venu. Premier chef d'état-major général de l'armée burundaise d'origine hutu, ce compagnon de lutte du chef de l'Etat était tombé en disgrâce une première fois en 2013.
Nommé ambassadeur à Nairobi par la suite, le général Niyombare était revenu en force fin novembre 2014, lorsqu'il a été nommé à la tête des services secrets, probablement le principal pilier du pouvoir Nkurunziza. Homme de principe, il paierait aujourd'hui, lui et ses deux lieutenants, son opposition affichée à ce que Pierre Nkurunziza brigue un troisième mandat. Selon des sources concordantes, ce serait surtout un avertissement lancé à tous ceux qui tenteraient de se mettre sur son chemin à l'intérieur du parti Cndd-FDD. En effet, des voix discordantes se font de plus en plus entendre au sein du parti du président.
C'est aussi aux hauts gradés de l'armée et de la police issus de l'ancienne rébellion et qui tirent les ficelles du pouvoir dans l'ombre, à qui Nkurunziza a lancé une mise en garde. Le président burundais devra donc batailler ferme s’il veut se présenter pour un troisième mandat face à une opposition interne qui s'organise, une opposition politique, une société civile totalement hostile ainsi qu’une communauté internationale de plus en plus inquiète.