Pour le porte-parole de l'armée rwandaise, les preuves dont dispose la justice militaire sont accablantes. Des preuves matérielles, mais aussi les aveux de ceux qui se trouvent sur le banc des accusés. Ce procès devrait démontrer, selon le ministère de la Défense, aux Rwandais et à la communauté internationale les liens criminels qu'entretiendraient le RNC et les FDLR.
A partir de l'Ouganda, ces deux organisations auraient planifié et exécuté des attaques à la grenade à Kigali, entre autres activités terroristes. Le RNC se serait chargé du recrutement d'étudiants, des étudiants qui étaient envoyés dans des camps d'entraînement des FDLR dans l'est du Congo, avant de revenir au Rwanda pour commettre leurs méfaits.
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Au cœur de ce dispositif, deux hommes, deux anciens militaires de la garde présidentielle qui avaient fui le Rwanda pour l'Ouganda : Joël Mutabazi et Innocent Kalisa. Ils avaient été enlevés en août dernier selon leurs familles à Kampala. Innocent Kalisa avait disparu depuis. Joël Mutabazi avait lui réussi à s'échapper, mais a finalement été extradé en octobre dernier vers le Rwanda. Illégalement, selon le HCR.
Joël Mutabazi a déjà comparu devant la justice militaire rwandaise, il avait alors rejeté toutes les accusations lors d'une première audience publique, avant de plaider coupable plus tard à huis clos sur presque tous les chefs d'accusation.
Pour Kayumba Nyamwasa, ancien chef d'Etat major et membre fondateur du RNC, il n'y a « qu'au Rwanda, que les confessions de personnes enlevées sont admises dans une cour de justice ». Ce procès serait, selon lui, « une diversion pour justifier aux yeux de la communauté internationale le meurtre de Patrick Karegeya par des agents du gouvernement rwandais ».