Suite à l'offensive des groupes armés début 2012, le climat de méfiance entre Nouakchott et Bamako qui existait sous ATT n'a pas changé. Et ce, malgré l'arrivée du gouvernement intérimaire.
La Mauritanie, qui a de liens historiques et tribaux avec certaines communautés arabes et touaregs du Nord-Mali, estimait, sans remettre en cause l'intégrité territoriale malienne, que certaines revendications des populations du Nord étaient légitimes. Et donc que Bamako devait négocier une solution politique avec les rebelles. Côté malien, l'activisme des dirigeants du MNLA, du MAA et du HCUA depuis la capitale mauritanienne a toujours fait grincer des dents.
Désaccords sur la mission de l’ONU
Nouvelles divergences, au moment du déploiement de la mission de l’ONU, la Minusma. Nouakchott était prête à envoyer des troupes, mais uniquement dans la région de Tombouctou, avec pour argument sa connaissance de la zone, des facilités d'accès pour le ravitaillement et la possibilité d'assurer en même temps le contrôle de ses frontières. Ce que Bamako a jusque là refusé, les autorités maliennes estimant que le choix du déploiement relève de sa souveraineté.
L'arrivée au pouvoir d'Ibrahim Boubacar Keïta ne semble pas avoir, pour le moment, permis d'apaiser les tensions. Les deux chefs d'Etat ont déjà laissé passer deux occasions de se rencontrer : le président IBK, en n'incluant pas la Mauritanie au programme de sa première tournée régionale et Mohamed Ould Abdel Aziz en n'assistant pas à l'investiture de son voisin.