Dans un rapport publié le mardi 11 septembre 2012, l'organisation Human Rights Watch (HRW) accuse les rebelles du M23 de crimes de guerre à grande échelle commis dans l'est de la République démocratique du Congo (RDC). Ces accusations sont fondées sur des entretiens menés entre mai et septembre avec 190 personnes. Parmi elles figurent des victimes congolaises et rwandaises, des membres des familles de victimes, des témoins, des autorités locales, ainsi que des combattants et ex-combattants du M23. Pour Anneke Van Woundenberg de la division Afrique de HRW, certaines autorités rwandaises pourraient être considérées comme complices de crimes de guerre en raison de l'appui militaire continu qu'elles apportent aux forces du M23. Ce dernier rejette en bloc toutes ces accusations et nie bénéficier de l'aide rwandaise.
Le mouvement rebelle n'a pas manqué de réagir à ces « allégations infondées », selon les mots de son leader, Jean-Marie Runiga, qui dément tout soutien logistique de la part du pays frontalier de la RDC.
La plupart des membres du M23 sont des Congolais patriotes, argumente en substance le chef des rebelles. Aucun d'entre eux n'est capable de crimes de guerre, et le rapport de HRW n'est pas crédible.