Le décret présidentiel ne donne aucune raison spécifique sur les motifs de cette décision, même si pour le ministère des Affaires étrangères, cette décision obéit à une règle administrative normale concernant les mutations des diplomates.
Certains en poste depuis plusieurs années doivent donc soit être rappelés ou mutés ailleurs, précise le ministère des Affaires étrangères. Mais pour de nombreux observateurs, la décision s’apparente au limogeage d’ambassadeurs considérés comme proches de l'ancien Premier ministre Carlos Gome Junior, renversé le 12 avril par un coup d’Etat militaire.
Les ambassadeurs dans les pays de l’Union européenne ne devraient pas être remplacés à court terme, l’UE ne reconnaissant pas et sanctionnant le régime de transition qui a obtenu le soutien des militaires.
La Cédéao, Communauté économique des Etats de l’Afrique de l’Ouest, à laquelle appartient la Guinée Bissau, a levé pour sa part ses sanctions globales. Mais Bissau où des élections générales doivent être organisées en 2013, reste encore sous vigilance de l’organisation sous-régionale.