Les agents de la brigade anti-corruption ont d'abord tenté de l'arrêter dans les studios d'une station privée du Burundi, la Radio publique africaine (RPA), vers 9h00. Mais ils ont dû reculer devant le tollé suscité par leur intrusion.
Vers midi, Faustin Ndikumana se rend alors de son propre gré au parquet près de la Cour anti-corruption de Bujumbura, où il va être entendu pendant plus de six heures. Lorsque l'activiste anti-corruption sort enfin des bureaux, c'est pour être conduit directement à la prison de Mpimba, où il va être écroué. Mais il aura le temps de s’exprimer face aux journalistes :
« J'ai constaté que c'est le ministre de la Justice qui a porté plainte contre M. Faustin Ndikumana. Moi, je n'ai aucun problème avec le ministre de la Justice. Quand nous critiquons des comportements qui sont ici et là, c'est question de système, ce n'est pas question d'individus ».
Il y a quelques jours, Faustin Ndikumana avait dénoncé le fait que les recrutements au sein de la magistrature burundaise se feraient contre monnaie sonnante et trébuchante, une accusation récurrente dans ce pays.
Mais cette fois, le ministre de la Justice, Pascal Barandagiye, en place depuis trois mois, a vu rouge et porté plainte contre l'activiste burundais pour « fausses déclarations », une infraction qui est punie au Burundi par une peine de 5 à 10 ans de prison.
Faustin Ndikumana prend l’affaire avec une certaine satisfaction : « Mandela a connu la prison, Gandhi a connu la prison. C’est un honneur d'être emprisonné pour avoir défendu les intérêts de la population, la justice, la vérité. Pour moi ça sera un honneur ! »