« Mauvais et dangereux du début à la fin, une insulte à l'histoire ». Tel est le commentaire officiel des autorités rwandaises qui est joint au rapport. Un « rapport inacceptable », selon Louise Mushikiwabo, la ministre rwandaise des Affaires étrangères note cependant que la version finale prend une certaine distance par rapport aux accusations de génocide et parle de façon importante du contexte qui prévalait dans les camps de réfugiés.
Egalement indexé pour son implication dans de possibles « crimes de guerre », l'Ouganda rejette ce rapport dans sa totalité. Le gouvernement ougandais dénonce « un condensé de rumeurs ».
Le Burundi refuse lui aussi de reconnaître un rapport qui est « clairement destiné à déstabiliser la sous-région et qui n'a pas été mené de façon objective ». Le Burundi n'a jamais reconnu une présence militaire au Congo.
Même réaction du côté de Luanda. L'Angola, qui fut à partir de 1998 alliée à Kinshasa, se dit « particulièrement outragée » et rejette les « accusations » d'exécutions sommaires et de viols
Seule la RDC salue le rapport onusien, document « détaillé » et « crédible » qui démontre, selon Ileka Atoki, l'ambassadeur congolais aux Nations Unies, « l'horreur indicible et l'étendue des crimes que le peuple congolais a endurés ».
Pour Amnesty International, la publication du rapport constitue « un premier pas significatif » mais l'organisation réclame « des actions concrètes » pour que les responsables soient jugés. Amnesty International estime par ailleurs « assez scandaleux que des pays africains dénigrent le travail de l'ONU ».