La révision de l'accord de défense du 10 novembre 1978 marque aussi le retour d'une coopération militaire suspendue en 1999. Une coopération entre deux pays dont les relations ont souvent été tumultueuses. Comme les autres accords rénovés, le texte s'inscrit dans un souci de transparence et de réciprocité et met l'accent sur le dossier de la sécurité maritime.
Il y a deux mois, rappelle-t-on côté comorien, des pirates somaliens ont été repérés au nord de l'archipel, situé à l'entrée du Canal du Mozambique. Un passage stratégique entre l'Afrique et Madagascar pour les navires commerciaux qui contournent le continent africain.
Dans ce domaine, Moroni attend une aide de la France afin de moderniser sa marine qui ne dispose que de vieux patrouilleurs et afin de faire respecter sa zone économique exclusive, particulièrement en ce qui concerne la délimitation de la frontière maritime avec le Mozambique.
La France connaît bien la région de par sa présence à Mayotte, qui abrite notamment une base d'écoute de la DGSE. Mais les vedettes rapides de la gendarmerie maritime ont déjà beaucoup à faire avec les milliers de clandestins comoriens qui tentent chaque année de rejoindre l'île française. La France pourrait également fournir une aide dans le domaine de la sécurité civile, puisqu’elle dispose d'une certaine expertise sur l'île voisine de La Réunion en ce qui concerne les risques sismiques et volcaniques.
Reste que si Moroni souhaite renforcer sa coopération avec la France, les responsables comoriens se sont aussi tournés, ces dernières années, vers d'autres partenaires militaires. Et particulièrement vers la République islamique d'Iran. L’Iran qui, après avoir obtenu des facilités en Erythrée pour ces navires de guerre, s'intéresse de très près à la zone sud de l'océan Indien.